Először is nézzük a rootkit meghatározását (a Norton szerint):
a rootkitek igen kis méretűek (gyakran 10 KB-nál is kisebbek), és bármilyen vírus vagy trójai program könnyen célba juttathatja őket. A rootkit kártevők nem szaporodnak és nem magányos harcosok: csupán eszközök, melyek segítségével a vírusok, férgek, sőt még a kémprogramok is elrejtőzhetnek. A rootkit kártevők különösen hatékonyak céljaik elérésében: beékelődnek a Windows rendszer szíve (a kernel) és a többi program közé. Így ha egy hagyományos program próbálja felmérni a memória tartalmát, a futó programokat vagy a merevlemez tartalmát, hogy például megbizonyosodjon a számítógép fertőzésmentességéről, a rootkit eltérítheti, és tetszőleges adatokkal láthatja el. Általában úgy tűnik, minden ideális a rendszerben: minden tökéletesen működik, egyetlen kártékony kód sem tevékenykedik, a felhasználó nyugodtan böngészhet az interneten.... miközben az a szomorú valóság, hogy számítógépe a tudta nélkül továbbra is több ezer kéretlen levelet vagy fertőzött e-mailt küldözget nap mint nap.

Sajnos a rootkitek ellen a víruskeresők nagy része nem ad kellő védelmet, azok ellen célszerű kifejezetten erre a célra készült alkalmazásokat használni.

Itt van tehát három kifejezetten a rootkitek eltávolítására készült, ingyenes program:

Sophos Anti-Rootkit: egyszerűen használható, alapos rootkit kereső. Futtatásához minimum 128 MB RAM szükséges. 64 bites támogatás. Az alkalmazás letöltése. A program honlapja.
Trend Micro Rootkit Buster: ez is igen egyszerűen használható. Választhatsz az átvizsgálni kívánt elemek közül, rendszerfájlok és Master Boot Record (MBR), regisztrációs adatbázis, folyamatok és driverek. Az alkalmazás letöltése. A program honlapja.
Microsoft RootkitRevealer: a Microsoft rootkit keresője. Az alkalmazás letöltése. A program honlapja.